Guia passo a passo. Faturas e recibos automáticos nas vendas online

Cada venda no teu site precisa de uma fatura. Podes passá-las uma a uma e enviá-las por e-mail, ou pôr o site a fazê-lo por ti: o cliente paga, a fatura é emitida, comunicada às Finanças e enviada ao cliente, sem ninguém lhe tocar. Neste guia vês as regras essenciais e como pôr isto a funcionar.

É isto que faço nas lojas e nas marcações pagas: ligo o teu programa de faturação ao site, se ele o permitir, e as faturas passam a sair automaticamente. Ninguém no teu negócio tem de passar faturas nem enviá-las à mão, e esse tempo fica para o que interessa. Eu costumo usar a Moloni.

As regras essenciais

Uma fatura em cada venda, mesmo que o cliente não a peça, e não se pode usar outro documento no lugar dela (artigo 29.º do Código do IVA).
Quando o cliente paga no momento da compra, como numa loja online, a fatura tem a data do pagamento.
NIF do cliente: é obrigatório quando o cliente é uma empresa ou um profissional; num particular, só entra se ele o pedir. Convém que o site tenha um campo para o NIF na compra.
Fatura-recibo quando o pagamento e a venda acontecem ao mesmo tempo, o que é o normal numa loja online.
Se estás isento de IVA pelo artigo 53.º, as faturas têm de dizer «IVA - Regime de Isenção». Desde julho de 2025, o limite para este regime é de 15.000 € de faturação no ano anterior.

Isto é um resumo. Confirma sempre com o teu contabilista o que se aplica ao teu negócio.

Programa certificado: quando é obrigatório

É obrigatório usar um programa de faturação certificado pelas Finanças se faturas mais de 50.000 € por ano, se tens contabilidade organizada ou se usas qualquer programa de faturação. Na prática, para as faturas saírem automaticamente da loja, usas sempre um programa, e por isso ele tem de ser certificado, mesmo que faturas menos.

A lista dos programas certificados está no Portal das Finanças (abre noutro separador). As Finanças também têm uma aplicação grátis de faturação (no Portal e na app ATGo), mas não encontrei forma de a ligar a uma loja online: serve para passar faturas à mão.

O que o programa faz por ti

Põe em cada fatura o ATCUD (o código que a identifica) e o código QR, que são obrigatórios.
Comunica as faturas às Finanças automaticamente. Sem isso, terias de as comunicar até ao dia 5 do mês seguinte.
Assina as faturas em PDF com assinatura digital qualificada, nos programas que a têm, como a Moloni e o InvoiceXpress.
Envia a fatura por e-mail ao cliente.

Como funciona a fatura automática

O cliente compra no teu site e paga.
Quando a encomenda fica paga, o site pede ao programa de faturação que emita a fatura-recibo.
O programa emite-a com o ATCUD, o QR e a assinatura, e comunica-a às Finanças.
A fatura segue por e-mail para o cliente.
Se houver um reembolso, o programa pode criar a nota de crédito também automaticamente.

Os clientes e os produtos podem ficar sincronizados entre a loja e o programa. Tudo isto acontece automaticamente, sem ninguém ter de abrir o programa de faturação.

Que programa escolher

Nem todos os programas se deixam ligar ao site, e nos que deixam essa ligação costuma vir só nos planos mais completos. Confirma antes de escolher. Exemplos vistos a 12 de outubro de 2026, sem IVA:

Moloni (o que costumo usar): a ligação a lojas online e a API vêm a partir do plano Flex, a 10,90 € por mês no pagamento anual. Tem extensão grátis para WooCommerce, com emissão e envio automáticos e notas de crédito, e uma app para Shopify.
InvoiceXpress: planos a partir de 3 € por mês, conforme o número de documentos. Liga-se ao WooCommerce, ao Shopify, ao PrestaShop, à Stripe e a outros; no WooCommerce, a emissão automática só existe na versão paga da extensão.
Vendus: a ligação a lojas online (Shopify, WooCommerce ou API) vem a partir do plano Flex, a 10,83 € por mês no pagamento anual.
TOConline: é subscrito através do teu contabilista; tem extensão grátis para WooCommerce e Shopify, com faturas-recibo e notas de crédito automáticas.

Se já trabalhas com um contabilista, pergunta-lhe que programa usa: às vezes compensa usar o mesmo.

Vender para outros países da União Europeia

Se vendes produtos ou serviços digitais a particulares de outros países da União Europeia e passas os 10.000 € por ano, aplica-se o IVA do país do cliente, declarado num só sítio (o balcão único, OSS). Fala com o teu contabilista antes de começares a vender para fora.

Perguntas

Tenho de passar fatura em todas as vendas online?

Sim. O Código do IVA obriga a emitir fatura em cada venda, mesmo que o cliente não a peça.

Preciso de um programa de faturação certificado?

Se faturas mais de 50.000 € por ano, tens contabilidade organizada ou usas um programa de faturação, sim. Para as faturas saírem automaticamente da loja usas sempre um programa, por isso tem de ser certificado.

Posso ligar qualquer programa de faturação ao site?

Não. Só os que têm ligação a lojas online ou uma API, e muitas vezes só nos planos mais completos. Confirma antes de escolher.

O que tem de dizer a fatura se estou isento de IVA?

Tem de ter a menção «IVA - Regime de Isenção». Confirma com o teu contabilista se estás neste regime.

E se o cliente pedir o dinheiro de volta?

Emite-se uma nota de crédito. Nos programas ligados à loja, como a Moloni, pode ser criada automaticamente quando fazes o reembolso.

Preferes que trate disto contigo?

Ligo o teu programa de faturação à tua loja ou às tuas marcações pagas, se ele o permitir, e deixo as faturas a sair automaticamente, com o envio ao cliente e as notas de crédito. Ninguém no teu negócio tem de passar faturas e enviá-las uma a uma.

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Sobre este guia: é informação geral, escrita a partir das fontes oficiais indicadas abaixo, na data que lá aparece. As regras, os preços e os prazos podem mudar entretanto. Não substitui o conselho de um profissional para o teu caso (um advogado, um contabilista ou, nas marcas, um Agente Oficial da Propriedade Industrial). Antes de decidires ou de pagares alguma coisa, confirma sempre nas fontes oficiais.

Fontes